影院正在上映奇侠电影《风云公主大冒险》，鸣人（竹内顺子 配音）情不自禁大声喧哗，结果连同波佐助（杉山纪彰 配音）、小樱（中村千绘 配音）一同被赶出电影院。正当鸣人望着电影海报发呆时，竟发现风云公主骑着快马从身边呼啸而过，其身后另有数名骑马的追兵。三人未作迟疑，起身相助。结果从卡卡西口中得知，追兵的头目竟是此次任务的委托人，逃跑的风云公主则是影片的女主角富士风雪绘。原来《风云公主大冒险...

　　为了追踪叛忍百足，五代目火影网手（胜生真沙子 配音）命令大和（小山力也 配音）率领小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、佐井（日野聪 配音）等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉，很久以前被第四代火影封印。而百足的目标则是解开封印，释放恐怖的力量。经过千钧一发的搏斗，鸣人变成孤身一人，他意外来到一座繁华的失落城市，在此遭到了傀儡部队的袭击，并得到神秘木叶...

　　世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽...

　　看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，　　缅因猫兽再度开始暴走。　　“不能让你诞生在世上…”　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。　　随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。　　其...

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……　　“所以说过去的事情我不知道啦！”　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。　　对于因受...

　　太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的...

　　奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。　　“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。　　面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”　　这个时候，在御台场再度出现了感...

　　故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……...

　　小桀的父亲是名顶级猎人，却在他很小时就离开了他。多年后，天资聪慧生性善良的他也决定成为一名猎人，并借此去寻找素未谋面的父亲。　　在考取猎人证的过程中，小桀结识了杀手家族出身的奇犽，火眼睛族的唯一幸存者库拉皮卡和想要成为救济穷人的医生的雷欧力。并且和西索，一个视强者为猎物的神秘魔术师形成亦敌亦友的关系。　　经过重重考验，小桀顺利拿到猎人证，可是对与小桀来说，考验才刚刚开始。...

　　鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、卡卡西（井上和彦 配音）和小李（増川洋一 配音）四人接到新的任务，他们要护送月之国王子月满回国。月之国位于三日月岛，该国超级富有，他们的王子月满则俨然一个纨绔子弟的形象。受父王之命，月满带着儿子小光及众多随从周游列国，沿途买了无数的东西。所谓树大招风，不少歹徒打起月之国一行的主意。作为清贫的忍者，他们无法理解富人的一些做法。不过随着旅途...